如何使用python绘制gwas分析中的曼哈顿图和qq图
1、一共是4列（逗号分隔），分别为：[1]染色体编号，[2]SNP rs 编号，[3] 位点在染色体上的位置，[4]显著性差异程度（pvalue）。在本例曼哈顿图中我们只需要使用第1，3和4列；而QQ图则只需要第4列——pvalue。
2、Python可以用在多种平台上，包括Windows、Macintosh和各种常见的UNIX系统。另外针对PalmOS 和微软的Pocket PC的相应版本也在开发中。
3、标识放造成的。Guido 决心在Python 中避免这一错误。同时，他还想实现在ABC 中闪现过但未曾实现的东西。
4、在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。
5、本文我们直接使用该包中的例子进行讲解（毕竟我也没有可以绘图的GWAS数据哈哈哈）。没有安装的可以先输入 install.packages(qqman) 安装该包。
6、所以，在分析GWAS时，我们如何确定找到的SNP位点是和我们关心的性状显著相关，而不是遗传漂变呢，从QQ-plot可以得到这一信息。Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。
好物分享——R语言版本的bedtools
1、bedtools 是一个非常香的工具，几乎是人尽皆知，是一个强大的处理bed等文件的工具，正如其自己描述的一样： a powerful toolset for genome arithmetic 。
怎样批量计算基因编码区长度
1、我们可以比较一下使用相同注释文件时，两个程序计算的基因长度是否一致。查看基因 ENSMUSG00000000004 ：可以发现 featureCoutns 输出的基因长度与我们计算的一致，这是由于 featureCounts 也是采用非重叠外显子作为基因长度。
2、定量PCR产物：使用比较标准物或内参基因等方法对PCR产物进行定量。常见的方法包括荧光定量PCR、实时荧光定量PCR等。计算等长目的基因数量：根据定量PCR结果，结合PCR扩增效率和起始DNA模板浓度，可以计算出等长目的基因的数量。
3、基因编码区：外显子单独提取，例如trnK-UUU-trnK-UUU-1。基因非编码区：包括嵌套基因外显子之间的区域，例如trnK-UUU-2-matK、matK-trnK-UUU-1；包括内含子。
4、则有mRNA上碱基数量 30*3=90个 终止密码为三个mRNA上特定的碱基决定的，故需要再加上3个碱基 该多肽mRNA上碱基数量为90+3=93个 一个双链的DNA转录成一个单链的mRNA则DNA上基因的长度为mRNA上碱基数为93对。
5、基因的结构包括编码区和非编码区。而真核生物的基因的编码区是不连续的，又包括外显子和内含子。外显子是编码区内的有效编码序列，内含子是编码区中的非编码序列。
探针寻找之旅(8)——RIdeogram绘制染色体探针分布图
数据导入 → ideogram画图，输出svg文件 → convertSVG将svg转为png 想要查看所需要的不同文件的格式，可以打开R安装目录中 D：\R\library\RIdeogram\doc\RIdeogram.R 文件，并运行一下，既可以看到不同文件的格式。
参考： https：//cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html 如果物种不是人的，那么需要自己准备染色体核型文件和染色体基因密度文件。
这样，嫦娥奔月的8日之旅也就完成了。 “嫦娥一号”有四大任务：为月球画一张三维图，绘制月球上14种元素的全球分布图；测量月壤的厚度，了解氦-3资源情况；探测4到40万公里范围内的地月空间环境。
